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Après avoir analysé le microbiote de patients sains ou atteints de MICI, des chercheurs britanniques remarquent que la nature des dysbioses, et leurs conséquences fonctionnelles, sont différentes selon que les comparaisons sont conduites en fonction de la nature et, en ce qui concerne les patients atteints de maladie de Crohn (MC), de leur localisation. Aussi, suggèrent-ils que des études thérapeutiques visant le microbiote devront être conduites auprès de sous-groupes de patients plus homogènes.
Les études menées sur le microbiote des patients atteints de MICI aboutissent pour l’heure à des résultats contrastés, notamment parce que la composition de référence est difficile à établir, dans la mesure où des facteurs environnementaux et génétiques l’influencent. Afin de mieux discerner les spécificités du microbiote dans ces différentes maladies, des chercheurs ont voulu comprendre quelles étaient les signatures taxonomiques et fonctionnelles du microbiote dans ces différentes atteintes et selon la localisation de la maladie.
Des chercheurs britanniques ont conduit leurs travaux à partir des données des participants de la cohorte FAMISHED ( Food and Fermentation Metagenomics and Disease ).
Principaux résultats
Ainsi, le groupe des patients atteints de MICI présentaient une diversité bactérienne significativement inférieure à celui des sujets sains. Après stratification par maladie, cette diversité était la plus affectée parmi les patients atteints de MC ou de colite microscopique (CM), alors que celle caractérisant la rectocolite hémorragique (RCH) n’était pas statistiquement différente de celle des sujets sains. Il y avait également des différences significatives dans la composition taxonomique du microbiome entre les contrôles sains, les patients atteints de la MC, de RCH et de la CM . Une diminution significative de l'abondance de plusieurs phyla (Actinobactéries, Bacteroidetes , Tenericutes et Firmicutes ) a été observée.
Les patients ont ensuite été catégorisés selon la localisation de la MC ou de la RCH. Ainsi, des différences de diversité et de composition étaient observées entre les formes iléales et les formes coliques, les premières ayant un microbiote moins altéré que les autres. Aucune différence n’a été observée selon la localisation de la RCH.
Par ailleurs, les chercheurs ont étudié l'influence de la sévérité de la maladie : aucune différence significative n'a été observée dans chacune des trois MICI, mais ceci pourrait être lié à un manque de puissance statistique. Pour autant, leurs données suggèrent que les différences observées en fonction de la localisation de la MC ne sont pas liées à la sévérité des cas inclus.
Enfin, des analyses ont été conduites pour comprendre l'impact de ces changements sur la fonctionnalité du microbiote : au total, 71 voies étaient différemment exprimées entre les sujets atteints de MICI et les patients contrôles. Concernant les acides gras à chaîne courte (AGCC) et les acides biliaires, qui sont importants pour le métabolisme des colonocytes, l’inflammation et pour l'immunomodulation locales, de véritable différences fonctionnelles ont été observées chez les sujets atteints de MC et de CM, notamment concernant les voies du propionate et du butyrate.
